（4）科技投资机制不健全。高科技创新往往需要投入巨额资金，且风险很高。因而需要建立适当的机制来降低风险，保证回报，才能吸引对科技创新的投资。但是，在我国，政府用以支持科技创新的投入量有限；另一方面，现代企业制度尚未建立起来，企业的责、权、利等关系尚未完全理顺，因而企业的投人能力和投人动力不足。由于缺乏相应的制度和机制，来源于其他方面的科研投人则更少，造成我国总体科技投人不足。除了由政府直接投资的重大项目外，其他许多科研项目难以筹集所需资金。
（5）科研成果的保护不力。一项科研成果的取得往往需要投人大量人力、财力。但在现代技术条件下，一些科研成果很容易复制、模仿。因此，保护科研成果的所有权、使用权、收益权不受侵害，对于保持科研创新动力十分重要。我国虽然已制定了知识产权法，但由于长期以来人们的产权意识、法律意识较弱，以及部门、地方保护主义的干扰，知识产权法的实施并不是十分有力，这在很大程度上影响了科技创新的积极性。
我国现存科技体制的上述诸种弊端，其根本症结在于长期以来政府职能不清，没有摆正政府、科研机构、企业三者之间的关系。在计划经济体制下，无论是科研机构，还是企业，都直接隶属于政府。政府不是通过适当的政策手段从宏观上调控科研单位和企业的行为，而是直接干预科研项目的设立、投资、审批、应用，对科研单位和企业的产品采取统分统配。这样做的结果，科研单位无需面对市场，企业缺乏科技创新和投资的动力与能力，科研单位和企业之间缺乏直接的联系，科研成果转化率低、推广成本高。在政企不分、企业责权利关系不清的情况下，企业不可能成为科技创新的主体。而作为科技创新主体的科研机构，由于不是直接面向市场，不可能长久保持其适应市场需要的科技创新的动力和能力。同时，政府没有能够履行本应由政府承担的职能，没有建立和有效地实施相应的制度法规，也影响了我国科技体制的完善。

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